Che cosa è un browser Genome?

Un browser genoma è un'interfaccia web utilizzato per visualizzare la mappa fisica di un cromosoma. Questa mappa mostra quanto DNA separa due geni, come misurato in paia di basi. Cromosomi umani variano nel formato da 50 milioni a oltre 250 milioni di coppie di basi. Un browser genoma mostra rappresentazioni schematiche di interi cromosomi, nonché "ingrandite" schemi di singoli geni e persino l'effettiva sequenza coppia di basi.

Un browser genoma permette all'utente di scorrere attraverso un cromosoma e zoom su determinate posizioni. Molti browser genoma consentono all'utente di ingrandire al livello di visualizzazione della sequenza di DNA reale, anche se la reale utilità di un browser è la possibilità di visualizzare geni nel loro contesto più ampio, piuttosto che visualizzare la sequenza di DNA a livello nucleotide. La dimensione media di un gene è 3.000 paia di basi, così quando ingrandita al livello di coppia di basi, l'utente vedrà meno di un intero gene. Il più grande gene umano, la distrofina, è lunga 2,4 milioni di coppie di basi.

Oltre a visualizzare rappresentazioni schematiche di geni, i browser genoma possono mostrare anche altre utili informazioni. Questo può includere la porzione del gene che viene tradotto in proteina, chiamata mRNA, e sequenze di DNA che hanno funzioni diverse codifica per le proteine. Il browser genoma può anche mostrare che i segmenti di DNA sono stati utilizzati nel processo di sequenziamento del genoma.

Un gran numero di organismi hanno sequenziato i genomi. Non esiste un unico browser è standard nel campo della genomica, così i browser genoma possono variare tra i genomi sequenziati. Browser Genome hanno la funzione di poter verificare la geni o sequenze di interesse, permettendo all'utente di saltare da una posizione a un'altra genomico. Non sarebbe efficiente per scorrere attraverso un cromosoma per arrivare a una posizione di interesse, a causa della grande dimensione della maggior parte cromosomi.

Alcuni browser genoma hanno strumenti chiamati selezionatrici gene. Questo strumento visualizza una tabella di geni che sono collegati tra loro. Il rapporto può essere uno di parecchi tipi: sequenza omologia, profilo di espressione simile, o di prossimità genomico. L'utente ricerca un gene con una parola o una frase, seleziona il tipo di rapporto che lui o lei vorrebbe, e il sorter gene mostra i risultati della ricerca.

  • Un browser genoma è un'interfaccia web utilizzato per visualizzare la mappa fisica di un cromosoma.
  • Un browser genoma permette all'utente di scorrere attraverso un cromosoma e zoom su determinate posizioni.