Che cosa è un Blot Northern?

Ibridazione Northern blot è una tecnica che viene utilizzata per rilevare l'RNA messaggero (mRNA) livelli in un campione, e per quantificare la quantità di mRNA che è presente. Anche se altre tecniche più potenti esistono, macchia nord rimane lo standard grazie alla sua semplicità e facilità d'uso. La tecnica Northern blotting permette anche per confronto diretto dei campioni multipli in un singolo esperimento.

RNA messaggero è un tipo di acido nucleico che viene prodotto quando un gene viene espresso. Un gene che è acceso e funzionale all'interno di una cella viene trascritto in mRNA. L'mRNA viene quindi trasportato nel citoplasma della cellula, dove viene tradotto in una proteina. Analisi Northern blot di un campione di mRNA cellulare può quindi fornire informazioni utili circa la matrice delle proteine ​​della cellula sta producendo.

In un Northern blot, mRNA viene estratto da cellule e gestito attraverso un elettroforesi su gel di agarosio denaturante, che consente mRNA nel campione da separare in base alle dimensioni. Esempi di molecole di mRNA di dimensioni note vengono eseguiti allo stesso tempo per fornire un controllo. Dopo elettroforesi è completo, i campioni vengono trasferiti e immobilizzati su una membrana solida, tipicamente costituito da un materiale quale nylon. I campioni vengono poi esposti a sonde radiomarcate per diverse ore prima dell'analisi. Durante l'analisi, mRNA che ha ibridato con una sonda radiomarcata può essere rilevato chiaramente con x-ray.

La tecnica Northern blotting permette l'osservazione dei modelli di espressione genica tra diversi tipi di tessuto. Messenger RNA estratto da cellule di vari tessuti diversi e tipi di organi può essere paragonato, e le risposte cellulari allo stress, infezioni, e molti altri stimoli può essere esaminato. Osservando le differenze di espressione di mRNA in condizioni diverse, uno scienziato in grado di determinare quali tipi di proteine ​​una cellula produce in risposta a determinati stimoli. Questo può fornire indizi sulle funzioni delle proteine ​​sconosciute, o in caso di proteine ​​note, le informazioni relative risposte cellulari agli stimoli in questione.

Ad esempio, un Northern blot può mostrare che l'espressione di una proteina sconosciuta aumenta in risposta alla presenza di una tossina specifica. Potrebbe quindi essere teorizzato che la proteina è coinvolta nel ridurre la tossicità, forse trasportando la chimica dalla cella o convertendolo in un metabolita. Se le proteine ​​conosciute sono in esame, i cambiamenti che documentano nell'espressione delle proteine ​​in grado di fornire informazioni sulla risposta stessa. Se espressione di un trasportatore molecolare noto è stato aumentato, per esempio, potrebbe essere confermato che la risposta cellulare alla tossina è trasportare la tossina fuori dalla cella.